広い屋敷でひとり暮らしの少年、衛宮士郎。そこへ後輩の少女がかよってくるようになる。少女は名を桜といい、士郎を敵視する同級生の間桐慎二の妹だった。少しずつ時をかさねる士郎と桜に、魔術をめぐる因縁と、召喚された英雄たちの争いが影を落としていく……