世界を回復する戦いがつづくなか、シンジとレイは日本のちいさな農村で生活することになった。まともな記憶をもたない人造人間ながら農作業をてつだうレイと、何もできずに同じ一日を反復するように生きていくシンジ。そんなシンジをアスカは発奮させようと…