島が点在する広い海原で、深海棲艦という怪物と戦う少女たちがいた。無骨な兵装を身体にとりつけ、軍艦のように水上を滑って戦う彼女らは、艦娘と呼ばれた。 ある日、少し前の戦いで沈んだ艦娘が記憶を失って浮上する。前後して、兵装を壊す異変が海に広がっ…