さまざまな怪獣が地球に出現して文明を破壊したことで、一部の人類は異星人と協力して宇宙へ脱出した。しかし人々は過酷な宇宙移民を断念していく。そして主人公ハルオの怪獣ゴジラへの復讐心に扇動されるように、人々は脱出から数万年がすぎた地球へと帰還…