森谷帝二という建築家に招待された高校生探偵の工藤新一だが、謎の組織によって子供のような肉体にされていた。そこで正体を隠して居候している探偵の毛利小五郎に代役として行ってもらい、自身は江戸川コナンという名前の小学生としてついていく。それから…