秘密道具の地図で見つけた宝島へ向かって、のび太とドラえもんは船出した。その目的地には新しい島が生まれていて、その火口に謎の人影があった。 船が島にたどりつくと、謎の海賊が襲撃してきて、しずちゃんを別人と間違えて拉致。とりのこされたドラえもん…