人間兵器ジェイソン・ボーンを生みだした、CIAによるトレッド・ストーン作戦。その謎をひとりの記者が追うなかで、現在はCIAと対立しているジェイソン・ボーンと接触することになった。またCIA内部でもパメラ・ランディという女性が事態の収束をはかって奮闘…