ゴジラが定期的な襲撃をくりかえし、その進路や被害を予測する民間ネットワークが活動している日本。 ある日のこと、日本海溝で発見された謎の巨大岩塊が、引き揚げ作業中に浮上して飛び去ってしまう…… VSシリーズ終了から4年後、1999年末に公開されたミレニ…