1999年、フィリピンの地下で休眠している怪獣が2体発見される。日本では同じころ、直下の巨大地震で原発が暴走していた。 その事故で母を失ったフォードは15年後、米海軍で爆弾処理をおこなっていた。そして原発の事故と処理に隠された原因があると考えてい…